Mac Treasure Tracing Club
May 2003 MACお宝鑑定団 
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2003年5月14日~16日の3日間東京ビッグサイトで開催された第2回 国際バイオEXPOに関するページです。



会場レポート

株式会社ヒューリンクス

 ヒューリンク社ブースにおいて、Apple社が機材協賛を行ってのXserveによるBLASTデモが行われていました。

xserve.jpg

8台のDPモデル Xserveが動作中。クラスターモデルは間に合わなかったとの事



 ヒューリンクス社が扱っているのはBLASTの1バージョンである 「TurboBLAST」。このTurbo BLASTについて簡単に触れると、アメリカNCBI (National Center for Biotechnology Information) が中心となって開発している "BLAST" というDNA配列の一致検索を行うシステムについて、マルチCPUで分散演算できる様にカスタマイズを行ったものであり、対応OSの一つにMac OS Xが有ります。勿論動作OSは Mac OS X だけに限らず、Windows・Linuxなどもサポートされています。

 TurboBLASTにおいてMac OS Xに対応させる際にベースとしたのは、Apple がPowerMac G4に向けて最適化を行い、Xserveの速度比較ページでもしばしば取り上げられるBLASTの1バージョン "Apple/Genetech BLAST"。この為に初めからPowerPC G4に最適化されており「Xserve で利用されているPowerPC G4の演算能力は2倍か、それよりちょっと上のクロック数のPentium4と同等」ぐらいのパフォーマンスとなっており、この為に価格面ではPC/ATベースのマシンとほぼ双肩、Xserve ClusterモデルやDPモデルでは処理能力対設置面積比でXserveの方が有利という結果となります。

 BLASTのデータ容量は通常数MB、多くても1GBを切るぐらいのサイズと非常にコンパクトであるので、Xserveが誇る超大容量ディスク容量が魅力とはなりにくいものの、1Uサイズに大量のメモリと共に高速なプロセッサが2CPU搭載されているという圧倒的な処理能力は科学演算においては非常に魅力的なものとなっているようです。

monitor.jpg

TurboBLASTのモニター例。
上から順にXserve8台+PowerMac1台の合計9台18CPUとPentium4マシンの処理をモニタにて表示。
PowerPC G4 1.42GHzへは全てに等しくタスクが割り振られているのが分かる



 ヒューリンクス社では、TurboBLASTだけでは無く、TurboBLASTにおいてBLAST検索処理を分散させる為の処理エンジン "TurboHUB" だけを切り出した 「TurboBENCH」というシステムも販売しています。これはアプリケーション単位で分散処理を可能にするシステムであり、同じタスクを大量に繰り返し実行する科学演算市場では特に有効なシステムとの事でした。

 Javaプログラミングにおいても、繰り返し行われる演算処理を関数として別処理とする事で、TurboBENCHでの分散処理が可能となるので、研究者にとっては馴染みの深いJavaを利用してプログラミングをする際にも、TurboBENCHを有効的に利用出来るとの事でした。


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