Appleが、日本語化したiOS 10プレビューを公開しています。

その中で「 日本の交通機関がまもなく到着します。マップで乗り換えの検索や、運賃の比較ができるようになります。地図上には、地下にあるすべての駅や線路と、大きな駅をつなぐ連絡通路も表示されます。」と説明しています。

マップは、クラウドサービス型のため、これまでの経験からすると、iOS 10のリリースのタイミングとは関係なく提供開始される場合があり、iOS 10以下の環境でも利用可能になる場合もあると思います。

5/24/2016時点のAcknowledgementsを見る限り、データの提供先との契約は完了してない模様です。

Update：Appleのプレスリリース「Apple Pay、iPhone 7と共に日本に登場」の中で

「10月にiOS 10でマップが国内の交通機関情報に対応すると、Apple PayのユーザはiPhone 7、iPhone 7 Plus、Apple Watch Series 2で、最新の運賃と時刻情報に基づいて主要な鉄道、地下鉄、フェリー、全国の路線バスを含む経路を計画し、支払いを行えるようになります。」

と説明があり、日本におけるApple Payサービス提供開始と同時にマップの交通機関経路も利用出来るようになると推測されます。