Safari 11まで環境設定のセキュリティで「ポップアップウィンドウを開かない」を選択することが出来ましたが、Safari 12からは、Webサイトごとに選択することが可能になりました。

スマート検索フィールドにURLが表示されている状態で、右クリックまたはコントロール+タップすると「このWebサイトでの設定」が表示されます。

ポップアップウィンドウのリストを選択すると「ブロックして通知」「開かない」「許可」から選ぶことができます。

環境設定＞Webサイト＞ポップアップウィンドウで、ポップアップウィンドウを許可／開かないを選択することが可能になっています。