Appleが、サポート情報「iBooks Author: Publishing and distribution FAQ」を公開し、iBooks Authorで作成したデジタル書籍は、無料の場合Web等で配布出来るが、一部有料あるいは課金方式など、電子書籍を有料販売する場合はiBookstore経由でのみ販売出来ると説明しています。

これは、iBooks Authorの使用許諾契約の中の「重要な通知」の中で太字で記載されています。

著作物を商用配布する場合は、Apple （あるいはAppleの関連会社または子会社）との書面による別途の契約を締結することが必要とされ、Appleは、理由のいかんを問わず、その単独の裁量によりユーザーがiBooks Authorで作成した著作物を配布対象に選定しないと決定することができると明記されています。

また、iBookstoreに登録出来るファイルサイズは2GBまでで、無料の場合は必要無いが、有料の場合は別途サンプル版も用意する必要があるそうです。