Appleが、サポート情報「Apple Thunderbolt to Gigabit Ethernet Adapter: Frequently Asked Questions」を公開し、Thunderbolt - ギガビットEthernetアダプタを、他のThunderbolt機器とデイジーチェーン接続した場合、アダプタのパフォーマンスに影響出る場合があると説明しています。

大容量記憶装置や他の高帯域幅デバイスを使用している場合、Thunderbolt - ギガビットEthernetアダプタのパフォーマンスに影響が出る場合があり、そうした場合、本体側にあるもう１つのThunderboltポート（iMac (27-inch, Mid 2011)、MacBook Pro (Retina Mid 2012)）に接続するか、Thunderboltデイジーチェーンの低帯域幅デバイス（キャプチャー機器など）に接続するよう説明しています。

実際に、MacBook Pro (Retina Mid 2012)にWestern DigitalのMy Book Thunderbolt Duoを接続し、その先に接続した場合と、直接MacBook Pro (Retina Mid 2012)のThunderboltポートに接続した場合を試してみたのですが、それほど影響が出来る感じではありませんでした。

この説明にあるような影響とは、さらに複数台接続した場合のことを指しているのかもしれません。

また、Mac mini (Mid 2011)にThunderbolt - ギガビットEthernetアダプタを使用した場合スリープしなくなるそうです。