OS X LionのMission Controlで作成した操作スペースは、個々にカスタムデスクトップピクチャを割当てることが可能になっています。

追加した操作スペースを前面に表示したら、システム環境設定＞デスクトップとスクリーンセーバーから変更したいデスクトップピクチャをクリックすると反映されます。

Mac OS X Snow LeopardのSpacesではデスクトップピクチャが変えられず、どのデスクトップウィンドウを開いているのか分かり辛い状態でしたが、OS X Lionではデスクトップピクチャを変えられるため、デスクトップウィンドウに迷う可能性が低くなると思います。